孔令欣教授主要研究领域为规范场论/引力场论对应（AdS/CFT Correspondence）及其在量子纠缠及量子信息学的应用。她同时对量子场量的基本结构，包括有关重整化群流及非平衡态的研究及其应用以及凝聚态物理中的拓扑态分类及相关的物理现象有极大的兴趣。
她近年最为突出的成果，是与合作者首次探讨了AdS/CFT Correspondence里引力高导数修正对所对应的场论纠缠熵的贡献。2013年中旬，她与合作者进一步发现场论中的纠缠熵所满足的不等式跟引力理论中的爱恩斯坦方程有重要关联。这一发现对于最终理解量子引力的结构有重要的启示。先后发表论文60余篇，共被引用2000多次。